机身背面，新一代的EOS 6D Mark II最大的变化是加入了触控翻转屏。这也是佳能首次在全画幅单反机身上加入翻转屏。这一变化为相机用户带来了更多操控方面的便利性，用户可以更为方便地使用低角度或是俯拍的方式来拍摄，而无需让自己摆出尴尬的姿势。此外触控翻转屏也让视频的录制更加轻松简单，的确是实用性非常好的一个功能化设计。
机背方向键的段落感更好了
机身背部的另一大变化是EOS 6D2的后拨轮，6D2为了解决后拨轮可能出现误触，后拨轮向外做了明显的突出设计，如此一来在盲操时手指可以根据触感轻松找到后拨轮在操作。
EOS 6D II上移到机身正面的快门线接口
比较可惜的是佳能EOS 6D Mark II并没有加入5D4上的快速调整拨杆。而因为没有快速调整拨杆，6D的对焦点选择要依靠后拨轮上的方向键来解决。而在方向键上6D2同样进行了突出化的设计，避免了选择对焦点时触控到波轮的问题。
机背翻转屏极大方便了EOS 6D II的使用